Terminados estos estudios viajó a Roma, donde escribió bulas en la dataría del Papa durante dos años. Con veinte años, sintiendo que malgastaba y olvidaba sus estudios, dejó aquel ejercicio y pasó a Alemania al ejército del Emperador, donde comenzó a ejercer la medicina. Visitó las universidades de Praga, Lipsio de Viena, Polonia, Moscovia; estuvo en la corte de Suecia, de donde pasó a Dinamarca y después a Holanda. De ahí a Francia de nuevo durante unos años, y entonces a Marruecos, Argel, Túnez, Etiopía, Arabia, Babilonia, Yspan, Conchinchina, Goa, Ceilán, Sumatra, Armenia, Turquía, Alejandría y de nuevo Francia (a los 35 años) donde fundó una Academia. Arruinada dicha Academia, pasó a Valencia (donde se graduó doctor), y de ahí a Marsella, Alejandría, El Cairo, (viviendo tres años en casa del cónsul de Francia), de nuevo Alejandría, Jope, Jerusalén, Damasco, Cayde, Estimirna, Constantinopla, Bodayna (reino de Grecia), Lisboa, (donde curó a un capitán español de Cádiz), Arenas Gordas, Sanlúcar, Cádiz, Madrid, Cádiz (como se ve, César Bandier pasó varias veces por esta nuestra ciudad, donde falsificó papeles y títulos relativos a su origen según necesitó en sus cuitas), Canarias, Burquerque, Calez, Miens, París, Ruán, Abastardan (¿Ámsterdam?), Tenerife, La Habana, Cartagena, y Perú.
Allí, en 1667, a los 67 años de edad, fue sometido al tribunal de la Inquisición de Lima, ciudad donde estaba ejerciendo la medicina. Declararon contra él cinco testigos que le acusaron de defender:
“Que los católicos romanos y los que no lo eran, estaban errados, porque no había cielo ni infierno, ni más Dios que la misma naturaleza de las cosas, que en ella se encerraba todo, y que muriendo los hombres, morían sus almas o paraban en la misma naturaleza y su eternidad. Que si hubiera de haber infierno, había de ser para los reyes y poderosos, para clérigos y frailes, que sustentan del trabajo ajeno; que no se debía comer carne ni sangre, sino yerbas, como comen los demás animales, mientras no instase la necesidad y los achaques y enfermedades. Decía de ordinario que para qué se ha de prohibir a hombre juntarse con la mujer, que Dios, la naturaleza, la crió para eso, y a cada uno dio su miembro para aquel efecto, explicando esto con palabras deshonestas. Que era invención digna de reprobarse la sujeción al rey y al papa, y el confesar a otro sus flaquezas, y que nuestra ley evangélica al principio era suave, pero San Pablo, con un espíritu de contradición, la echó a perder, prohibiendo la pluralidad de mujeres, y dando lugar a que hubiese monjas y frailes, con que se impide la procreación. Que no hubo Adán ni diluvio, ni ha de haber resurrección de la carne, ni hay diablos, ni brujas, ni Cristo fue Dios, ni está en la hostia, ni su santísima Madre fue virgen, que Lázaro no resucitó, sino que fue un embuste que se hizo para engañar, y que la que llaman estrella de los magos fue un cometa de los ordinarios, y los cristianos han levantado el embuste de que era estrella, y por Cristo. Diciéndole uno destos testigos en una ocasión, que temía a Dios, le respondió ¿qué te ha de hacer Dios? perro tonto, métete fraile. Trató de fundar nueva secta con título de religión cristiana, que así se había de llamar, y en ella todos serían médicos, para que curasen por todo el mundo y en todas las naciones, y reducirlos por este medio a la ley natural.”
Torturado hasta expresar arrepentimiento, fue declarado culpable por “apóstata, hereje de nuestra santa fe católica, observante de la ley natural de Aristóteles y de la perversa de Epicuro”. Sus bienes fueron confiscados, se le obligó a usar sambenito y fue encarcelado y desterrado a España.
Etimológicamente, hereje viene de términos que querían decir escoger, elegir, decidir.